Το Δ.Π.Μ.Σ. «Εκπαίδευση για την Αειφορία και το Περιβάλλον» (Ε.Α.Π.) διαρθρώνεται σε δύο ακαδημαϊκά εξάμηνα, τα οποία περιλαμβάνουν συνολικά τέσσερα (4) μαθήματα στο πρώτο εξάμηνο σπουδών (τρία υποχρεωτικά μαθήματα και ένα μάθημα επιλογής) και τέσσερα (4) μαθήματα στο δεύτερο εξάμηνο σπουδών (τρία υποχρεωτικά μαθήματα και ένα μάθημα επιλογής).

Τα υποχρεωτικά μαθήματα ισοδυναμούν με τέσσερα (4) ECTS και τα μαθήματα επιλογής με τρία (3) ECTS, το καθένα από αυτά, ενώ η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.) ισοδυναμεί με τριάντα (30) ECTS. Τα  μαθήματα δύνανται να περιλαμβάνουν θεωρητική και εργαστηριακή διδασκαλία ή/και συνδιδασκαλία. Το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών (Μ.Δ.Ε.) απονέμεται μετά τη συμπλήρωση εξήντα (60) ECTS. Η διδασκαλία των μαθημάτων ενδέχεται να είναι μικτή και συνίσταται σε: α) διά ζώσης διδασκαλία και β) σε εξ αποστάσεως διδασκαλία μέσω εφαρμογής συστημάτων σύγχρονης και ασύγχρονης τηλεκπαίδευσης.

       Επίσης, κατά τη διάρκεια των μεταπτυχιακών σπουδών θα πρέπει να εκπονηθεί και να υποστηριχθεί η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.). Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική, με δυνατότητα εκπόνησης αυτής στην αγγλική ή στη γαλλική, σύμφωνα με απόφαση της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών (Ε.Π.Σ.) κατόπιν εισήγησης της Συντονιστικής Επιτροπής.

Η Μ.Δ.Ε περιλαμβάνει έρευνα σε θεματική ενότητα που επιλέγεται από τον υποψήφιο και εντάσσεται στα επιστημονικά αντικείμενα των διδασκόντων που συμμετέχουν στο Δ.Π.Μ.Σ.